Dikisahkan, Sunan Katong dari Demak melakukan perjalanan ke Tanah Perdikan Prawoto. Beliau diutus oleh Wali Songo untuk menyadarkan Empu Pakuwaja yang merupakan murid dari Syeh Siti Jenar. Dalam perjalanannya beliau ditemani oleh tiga santrinya, yaitu Wali Jaka, Ki Tekuk Penjalin, dan Kyai Gembyang. Sesampainya di tempat tujuan, beliau mendirikan sebuah Padepokan di tepian Kali Sarean.
Beliau adalah sosok ulama yang berilmu tinggi, berbudi luhur dan disegani. Tidak perlu waktu lama bagi beliau untuk mendapatkan banyak santri, banyak orang datang ke padepokan untuk belajar ilmu agama.
Empu Pakuwaja adalah seorang bangsawan dari trah Majapahit. Dia seorang yang gagah berani, berwatak keras dan teguh pendirian. Dia mempunyai 2 orang putri yang bernama Surati dan Raminten. Dia juga mempunyai murid kesayangan, yaitu Jaka Tuwuk dan Pilang.
Saat Sunan Katong menemui Empu Pakuwaja dan berusaha mengajaknya kembali ke dalam ajaran Islam yang sejati, Empu Pakuwaja menolak. Dia justru menantang Sunan Katong untuk bertanding adu kekuatan, Sunan Katong pun meladeni tantangan Empu Pakuwaja. Lalu, bertandinglah kedua orang tersebut. Mereka mengeluarkan jurus ilmu olah batin, hingga akhirnya Sunan Katong berhasil melukai Empu Pakuwaja.
Dalam keadaan terluka Empu Pakuwaja berlari dan mencoba bersembunyi dari kejaran Sunan Katong. Dalam pelariannya, Empu Pakuwaja merasa haus yang teramat. Saat sampai di depan sebuah rumah, Empu Pakuwaja segera memasukinya. Rumah itu sedang sepi lantaran ditinggal penghuninya ke sawah. Empu Pakuwaja pun memasuki rumah tersebut, dan di atas meja dia melihat sebuah kendi berisi air nira yang akan dimasak menjadi gula. Karena rasa haus yang tidak tertahan, dia segera meminum air tersebut dan menghabiskannya.
Karena kekenyangan minum air tersebut, akhirnya Empu Pakuwaja tertidur. Tidak lama kemudian dia terbangun, karena mendengar suara pertengkaran dua orang yang ternyata adalah suami istri yang mempunyai rumah itu. Mereka adalah Pak Singo dan Mbok Singo yang bertengkar karena air nira yang akan dibuat menjadi gula habis. Mereka tidak tahu, bahwa Empu Pakuwajalah yang telah menghabiskan air tersebut. Karena merasa terganggu dengan keributan tersebut, tanpa banyak bicara Empu Pakuwaja membunuh kedua suami istri tersebut. Tempat itu kemudian dikenal dengan nama Singopadu (padu = bertengkar).
Sunan Katong terus mengejar di belakang Empu Pakuwaja. Saat dia merasa Sunan Katong berada tidak jauh darinya, maka Empu Pakuwaja bersembunyi di sebuah pohon kendal yang berlubang. Ternyata Sunan Katong mengetahui tempat persembunyian Empu Pakuwaja tersebut, dan akhirnya Sunan Katong berhasil menangkap Empu Pakuwaja.
Empu Pakuwaja kemudian menyerah dan mengakui kesaktian dan ketinggian ilmu Sunan Katong. Dia pun bersedia menjadi pengikut Sunan Katong, bahkan menjadi murid kesayangan. Tempat menyerahnya Empu Pakuwaja itu di kemudian hari dinamakan Kendal. Selain nama pohon, kendal juga berarti penerang. Sunan Katong berhasil memberikan penerangan kepada Empu Pakuwaja dan membawanya kembali kepada ajaran Islam yang sebenarnya.
Pada suatu hari, Empu Pakuwaja marah kepada putrinya, Raminten. Raminten mencintai Jaka Tuwuk, padahal Empu Pakuwaja sudah menjodohkan Jaka Tuwuk dengan Surati. Ternyata, Jaka Tuwuk juga mencintai Raminten. Mereka saling mencintai. Empu Pakuwaja yang mengetahui hal tersebut sangat marah.
Lalu dia mencari Raminten dengan maksud menghajarnya. Raminten yang paham akan watak keras ayahnya, segera melarikan diri. Dia mencari perlindungan, dan dia merasa orang yang bisa melindunginya hanya Sunan Katong. Oleh karena itu, dia menghadap Sunan Katong dan meminta bantuan.
Empu Pakuwaja yang gelap mata dan mengejar Raminten sangat marah mendengar ada orang yang melindungi putrinya. Dia pun menghunus Keris Pusakanya dan segera menghujamkan ke dada orang yang melindungi putrinya. Saat keris sudah menancap, Empu Pakuwaja baru menyadari bahwa orang yang ditusuknya adalah gurunya sendiri.
Empu Pakuwaja jatuh tersungkur dan meminta maaf bersujud di hadapan sang guru. Sunan Katong mencabut keris dari dadanya dan menancapkan keris tersebut kepada Empu Pakuwaja, dan keduanya pun gugur. Dari luka Sunan Katong mengalir darah berwarna biru, sedangkan dari luka Empu Pakuwaja mengalir darah berwarna merah.
Kedua aliran darah itu menyatu di Kali Sarean, membuat warna air sungai berubah menjadi ungu. Demikianlah, daerah di mana kedua tokoh itu gugur dan darahnya menyatu kemudian dikenal dengan nama KALIWUNGU (sungai yang airnya berwarna ungu).